村党支部不能领导村办企业党支部，因为党支部与党支部之间不能构成领导与被领导的关系。出现这种情况，应当重新设置村党组织或村办企业党组织：可将村党支部改建为党总支部，或将村办企业党支部改建为党小组。具体采取哪种方式，应从实际情况出发。如村党支部不具备改建为党总支部的条件，或村办企业确需成立党支部，则可将村办企业党支部归属乡镇党委或有关党组织领导。